Морской транспорт в регионе развит, имеются современные международные морские и речные незамерзающие порты, обеспечивающие ежегодную перевалку грузов в несколько миллионов тонн на порты Европы и Азии. Наряду с приемом и обработкой грузовых судов со всего мира, на базе портовой инфраструктуры также реализуется ряд специализированных проектов. Так, например, с 2005 года в регионе запущен проект под названием «Балтийский паром», в рамках которого функционирует автомобильная морская паромная переправа «Усть-Луга — Балтийск», а с октября 2006 года и морская железнодорожная паромная переправа «Усть-Луга — Балтийск — порты Германии».

Внутренний водный транспорт представлен ЗАО «Калининградский речной порт». Специализируется на перегрузке и хранении угля, кокса и минерально-строительных материалов. Производительность погрузки судов до 4 500 тонн в сутки. Компания работает в двух грузовых районах. В Калининграде — Балтийский грузовой район, норма единовременного хранения — 35 тыс. тонн, вмещает под выгрузку одновременно до 16 вагонов. Второй грузовой район — в г. Светлом, — норма единовременного хранения 19 тыс. тонн, вмещает под выгрузку одновременно 14 вагонов. Суммарная проектная мощность двух районов — 2050 тыс. тонн в год.

Развивается и пассажирское направление. Для обеспечения беспрепятственной перевозки пассажиров и грузов между Калининградской областью и основной территорией России в 2003 году была открыта регулярная паромная линия между морскими портами Калининград и Санкт-Петербург. В настоящее время эту линию обслуживает грузопассажирский паром «Георг Отс», который может принимать на борт до 250-ти пассажиров и 100 машин (автобусы, легковые и грузовые автомобили).

С сентября 2005 года также успешно работает регулярный паромный маршрут «Lisco Patria» по перевозке грузов и пассажиров на линии «Балтийск — Клайпеда — Карлсхамн (Швеция)». На борту имеются комфортабельные каюты на 237 пассажирских мест.